Lettre du département SBM #21

Sommaire
Le site internet du Département est en ligne !

Retrouvez tous les événements et les actualités du Département, mais aussi toutes les informations relatives aux offres d’emploi, à destination des jeunes chercheurs, les équipements disponibles et bien plus encore !
Consultez le site internet >>

N’hésitez pas à nous envoyer vos remarques à departement-sbm@u-bordeaux.fr

Vie du Département

En ce début d’année, des changements ont eu lieu pour les Unités du Département.
Dès à présent, ce sont 6 unités de recherche et une unité d’appui à la recherche qui le composent :

Biologie des Maladies Cardiovasculaires (BMC) dont le directeur est Thierry Couffinhal
Bordeaux Institute of Oncology (BRIC) dont le directeur est Frédéric Saltel
ImmunoConcEpT dont la directrice est Julie Déchanet-Merville
Institut de Biochimie et Génétique Cellulaire (IBGC) dont la directrice est Isabelle Sagot
Microbiologie Fondamentale et Pathogénicité (MFP) dont le directeur est Frédéric Bringaud
Maladies Rares Génétique et Métabolisme (MRGM) dont le directeur est Didier Lacombe.
et Technologies des sciences Biologiques et Médicales (TBMCore) dont la directrice est Béatrice Turcq.

Bâtiment recherche
Le déménagement de nombreuses équipes est prévue dans quelques mois. Quelques photos de l’avancée des travaux.

18 Janvier 2022
Séminaire de Valentin DELOBEL
U1034

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1er février 2022
Séminaire de Ninon FOUSSARD et Mélody DUFOSSÉE
U1034

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ORGANISER UN SÉMINAIRE
 Le groupe « Séminaires et colloques » du Département vous propose d’organiser des séminaires internes au Département.
Afin de faire vos demandes, merci de remplir ce formulaire et l’envoyer à Alexandra Prévottélécharger le formulaire
Equipements et plateformes

Structuration de plateformes de TBMCore pour de futures prestations communes

La collaboration entre la plateforme VoxCell et la plateforme d’Histopathologie, engagée il y a un an donnera lieu à de nouvelles prestations au cours de l’année 2022. 
VoxCell produit des organoïdes cellulaires sous formes de capsules ou de tubes. Ces nouveaux modèles 3D, très en demande aujourd’hui, ont l’avantage de limiter le nombre d’expérimentations animales.  La plateforme d’histopathologie permet quant à elle aux utilisateurs de réaliser des expérimentations allant de la préparation des tissus jusqu’à la prise d’images. 
Les deux plateformes ont entamé la mise au point d’un processus spécifique permettant la transition entre ces deux plateformes. Les utilisateurs pourront passer de la plateforme VoxCell avec des modèles de capsules 3D et inclure leurs objets de manière systémique et les analyser avec succès avec la plateforme d’histopathologie. En effet, les protocoles classiques d’histologie ont été modifiés afin d’être adaptés aux échantillons encapsulés.
Soutenue par l’AAP Actions locales structurantes du Cancéropôle Grand Sud-Ouest (VoxCell/Histopathologie/OncoProt), cette structuration va bénéficier de l’aide d’un technicien contractuel pendant un an pour finaliser cette mise au point de façon à proposer aux utilisateurs une prestation établie. 
L’objectif de cette structuration est de faciliter les échanges entre plateformes tout d’abord, mais également entre les utilisateurs et les différentes plateformes de TBMCore, et elle pourra être étendue à d’autres plateformes de TBMCore.

Contact de la plateforme VoxCell : 
Responsable scientifique et technique : 
Laetitia Andrique IR CNRS :
laetitia.andrique@u-bordeaux.fr 

En savoir plus:
VoxCell 

Contact de la plateforme d’Histopathologie : 
Responsable technique :  

Nathalie Dugot-Senant :
nathalie.senant@inserm.fr

En savoir plus:

Histopathologie

Equipements et plateformes

Séminaire interdisciplinaire de l’Oncosphère

19 janvier – 12h30
En ligne

Pauline Poinot (IC2MP) et Laurent Cronier (STIM) interviendront le 19 janvier à 12 h dans le cadre des séminaires interdisciplinaires de l’Oncosphère en visioconférence.

Plus d’informations >>

MetaBoDay

20 janvier 2022  
En ligne

Zoom link : https://u-bordeaux-fr.zoom.us/j/89838967312 

A new opportunity for fruitful exchanges on metabolism, from basic science to clinical research.
 
For those willing to present their work (oral presentations only), please fill in all sections. 
Note that everyone is welcome to present their work, from young scientists (PhD students, post-docs) to senior researchers.
 

Microbiologie Day 

8 mars 2022
Agora du Haut-Carré à Talence


Following the success of the second edition of the Microbiology Day in 2021, even during the COVID pandemy, we are organizing the third « Microbiology Day » in 2022. It will take place the 8th of march 2022 at the Agora Haut-Carré in Talence. Call for abstracts and registration are open from today until the 28th of January 2022.

S’inscrire >>
 

CRISPR and Translational Medicine congress 

31 mars et 1er avril 2022
Agora du Haut-Carré à Talence

4th SUNRiSE Meeting : New advances in Cancer Stem Cells

7 au 9 juin 2022
Paris

CRISPR and Translational Medicine congress 

31 mars et 1er avril 2022
Agora du Haut-Carré à Talence

Nouveaux arrivants

Bienvenue aux nouveaux arrivants du Département !
Alejandra Pando Caciano est doctorante péruvienne en visite de janvier à fin avril au sein de l’équipe MIRCADE (BRIC U1312)

Camille Tocqueville est la nouvelle doctorante encadrée par Philippe Veschambre, équipe MIRCADE (BRIC U1312)

Thibaut Matis rejoint l'équipe Biotherapies Genetics and Oncology BioGO (BRIC U1312) et commence sa thèse en tant que AHU-doc.

Sabrina Fayet recrutée IE en CDD et Jessica Massière, IE Université de Bordeaux rejoignent l’équipe Biotherapies Genetics and Oncology BioGO (BRIC U1312)

Appels d'offres

 Projets «High Risk – High Gain» de recherche en cancérologie sur les cancers de mauvais pronostic

Date limite de candidature : 14 janvier 2022
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 Prix de la Fondation de France pour la recherche médicale

Date limite de candidature : 19 janvier 2022
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Programme Mourou/Strickland – Mobilité des chercheurs 2022

Date limite de candidature : 6 février 2022
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 Appel à candidature : Les Grandes Avancées Françaises en Biologie présentées par leurs auteurs 2022

Date limite de candidature : 11 février 2022
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Offre de séjour pour chercheurs confirmés au Churchill College, Cambridge

Date limite de candidature : 13 février 2022
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Approches interdisciplinaires des processus oncogéniques : Exploration fonctionnelle du microenvironnement des cancers de mauvais pronostic (MCMP)

Date limite de candidature : 17 février 2022
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Appel à projets transnational en médecine personnalisée – l’ERA-NET ERA PerMed – 2022

Date limite de candidature : 17 février 2022
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Appel à projets SIGN’IT 2022 : Signatures en immunothérapie

Date limite de candidature : 8 mars 2022
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Appel à projets récurrents de l’ANRS

Date limite de candidature : 15 janvier-15 mars / 15 juin-15 septembre
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 Calendrier des Appels à projets nationaux de recherche en cancérologie de La Ligue Contre le Cancer

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Programme généraliste : Espoirs de la recherche

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Jeunes chercheurs
Concours d’innovation i-PhD


Date limite de candidature : 22 mars 2022
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Publications

Le 13 décembre 2021, le consortium pluridisciplinaire coordonné par Christophe Grosset (Equipe MIRCADE, BMGIC – Inserm U1035 ; aujourd’hui BRIC – Inserm U1312) a publié un article original intitulé « Deciphering tumour tissue organization by 3D electron microscopy and machine learning » dans le journal Communications Biology. 

Depuis 2015, l’équipe MIRCADE (Méthodes et Innovations pour la Recherche sur les CAncers De l’Enfant) étudie la biologie de plusieurs tumeurs solides chez l’enfant, dont l’hépatoblastome, un cancer primaire du foie. A la suite d’observations faites en laboratoire, Christophe Grosset s’est interrogé sur les paramètres contrôlant l’organisation interne d’un tissu tumoral, sachant qu’ils sont très mal connus. Pour répondre à cette question, il s’est entouré de chercheurs et ingénieurs des Départements Sciences Biologiques et Médicales, Bordeaux Neurocampus et Sciences de l’ingénierie et du Numérique de l’Université de Bordeaux, parmi lesquels Baudouin Denis de Senneville (Institut de Mathématiques), Fatma Zohra Khoubai (Equipe MIRCADE), Jean Ripoche (Inserm, Université de Bordeaux), Marc Bevilacqua et Etienne Gontier (Bordeaux Imaging Center, Pôle Microscopie Electronique). Il a également sollicité les compétences d’Alexandre Labedade, Infographiste indépendant, de Christophe Chardot et Sophie Branchereau, tous deux chirurgiens pédiatriques à l’AP-HP, ainsi que de Kathleen Flosseau et Stefano Cairo de la société XenTech. Après analyses des échantillons biologiques par la technique « Serial block-face scanning electron microscopy » au BIC et la reconstruction 3D du tissu par empilement de 250 images de microscopie électronique, le consortium a développé une méthodologie basée sur la segmentation semi-automatique des principaux éléments structuraux d’un tissu tumoral tels que les capillaires sanguins, les cellules, les noyaux et les mitochondries (https://github.com/bsenneville/Onconanotomy). Comme la segmentation manuelle est trop laborieuse pour segmenter des milliers d’éléments, le consortium a entrainé un réseau neuronal artificiel de type U-net à la segmentation automatique des éléments du tissu, générant ainsi plusieurs banques de données d’apprentissage (protégés par brevet). Par cette approche, 182 cellules, 113 noyaux et 3 portions d’un capillaire sanguin ont été segmentés, puis analysés par des approches mathématiques. Le consortium a alors découvert (i) que les capillaires sanguins et des structures proches des canalicules biliaires influencent l’alignement planaire, la polarité et la taille des cellules tumorales et de leur réseau mitochondrial, et (ii) que la taille des cellules d’hépatoblastome est corrélée à celle de leur noyau, de leur cytoplasme et de leur réseau mitochondrial. Par ce travail, le consortium apporte quelques informations sur les paramètres bioarchitecturaux contrôlant l’organisation 3D d’un tissu tumoral, ouvrant ainsi la voie à de futures investigations dans un domaine émergent appelé « Onconanotomy ». 

Zoom sur...

BRIC, une Unité dédiée à l’oncologie
Débuté en 2018, le projet de structuration de la cancérologie à Bordeaux vient d’aboutir à la création de l’Unité Inserm U1312 BRIC. Labellisée par l’Inserm et l’Université de Bordeaux, cette unité de recherche rassemble toutes les forces actuelles de la recherche en cancérologie, à savoir les anciennes unités U1218, U1035, U1053, U1029 et EA 7435. Ce sont donc 11 équipes et plus de 230 personnes qui composent maintenant cette nouvelle Unité.

Une Unité pour rassembler les forces en oncologie


« Née de la volonté de la communauté cancer de se restructurer, l’Unité BRIC – pour Bordeaux Institute of Oncology – est un projet collectif avec deux thématiques de recherche principales: les cancers de mauvais pronostics et les cancers rares », explique Frédéric Saltel, directeur de l’Unité.

Ainsi, ce sont notamment le cancer du foie, le cancer du sein triple négatif, le cancer du rein, les leucémies, le sarcome, le glioblastome ou encore l’onco-dermatologie qui sont au centre des recherches du laboratoire.

La création de cette Unité au début de l’année 2022 marque une étape importante dans la structuration de la cancérologie bordelaise, déjà amorcée avec le réseau régional Oncosphère.
 
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